?Massaspektrometrie
?
| ?? |
?Die Massaspektrometrie-eenheid aan die Universiteit Stellenbosch in die Wes-Kaap doen kwantitatiewe en kwalitatiewe ontledings van organiese molekules met behulp van massaspektrometrie. Dienste sluit in GC-MS-analise, LC-MS-analise, akkurate massabepalings en Proteomiese analise.
?Die Massaspektrometrie-eenheid, deel van die Sentrale Analitiese Fasiliteite van die Universiteit Stellenbosch, dien as 'n hulpbron wat kontemporêre massaspektrometriese tegnieke en die "gevorderde" instrumentasie wat nodig is vir die diversiteit van navorsingsbelangstellings op- en afkampus bied.
?LC-MS
Tydens elektrosproeiionisasie (ESI) word meervoudig gelaaide ione van makromolekules geproduseer. Dit maak die akkurate bepaling van molekulêre massas van molekules soos prote?ene, oligonukleotiede en oligosakkariede moontlik. Hierdie tegniek word gebruik vir die ontleding van polêre nie-vlugtige molekules. Die ionisasie is sagter as elektronimpak (EI) en baie min indien enige fragmentione word waargeneem.
?GC-MS
Tydens elektronimpakionisasie (EI) word ione gegenereer deur elektrone met die monstermolekule in gasfase te bots, wat lei tot die verlies van 'n elektron vanaf die monstermolekule wat 'n molekulêre ioon M+ genereer. As gevolg van die oormaat in die interne energie, is die molekulêre ioon dikwels gefragmenteer en mag dus nie in die spektrum verskyn nie. Fragmentasie wat voorkom is hoogs reproduceerbaar en die spektra kan dikwels gebruik word om biblioteekdatabasisse te soek vir die voorlopige identifikasie van die verbinding. Hierdie tegniek word gebruik vir die ontleding van vlugtige, meer nie-polêre verbindings.
?Proteomics Laboratorium
Die Proteomics-fasiliteit is toegerus met twee moderne massaspektrometers, 'n LTQ Orbitrap Velos en 'n Fusion wat albei die eerste van hul soort in Suid-Afrika was. Hierdie gesofistikeerde massaspektrometers bied Suid-Afrikaanse navorsers die unieke geleentheid om duisende prote?ene in een lopie te ontleed. Dit gee ook SA navorsers die kans om met internasionale proteomiese navorsers mee te ding, al is dit teen 'n plaaslike prys sonder om kwaliteit in te boet.
Kwantitatiewe Proteomika
Kwalitatiewe proteomika vra die "wat is daar" vrae en, in die geval van etiketvrye proteomika, vereis veelvuldige inspuitings vir statistiese doeleindes.
Label free
Kwantitatiewe proteomika vereis 'n verwysingsteekproef vir vergelyking en daarom word die verwysing by die koste/vergelyking ingesluit. Daarom is die koste vir 1 vergelyking gelyk aan die verwysing sowel as die steekproef wat vergelyk moet word. Aangesien slegs een verwysing per vergelykende groep vereis word, sluit daaropvolgende vergelykings nie die verwysingsteekproef in nie, dit wil sê vier steekproewe vir vergelyking is gelyk aan steekproewe en een verwysing. Statistiese ontledings word op die datastelle uitgevoer om regulasiedata te verkry. Dit vereis ten minste drie inspuitings per monster. Die koste is vir 3 inspuitings van ongefraksioneerde monsters en moet vermenigvuldig word vir die aantal breuke wat benodig word.
Gemerk Proteomics
Die CAF-eenheid is in staat om benoemde kwantifisering uit te voer deur iTRAQ (isobariese merker vir relatiewe en absolute kwantifisering; AB Sciex) en TMT (Tandem Mass Tag; Thermo Scientific) uit te voer. Hierdie metode is gebaseer op die kovalente aanhegting van 'n isobariese massa merker aan al die monsters, afhangende van die keuse van merker kan 4-10 monsters gekwantifiseer word. Die tegniek is gebaseer op die opsporing van verslaggewerione na fragmentasie en daarom word al die monsters vir analise gekombineer voor LCMS/MS. Die standaardkoste-opsies is ongefraksioneerd (enkel LC-MS/MS-inspuiting) of gefraksioneer in óf 5 óf 10 breuke. Die koste sluit nie die koste van die etikette in nie, maar wel die etikettering van die monsters. Separations is die middel vir beide iTRAQ en TMT en die reagenskoste kan by hulle verkry word.
Kwalitatiewe Proteomika
Kwalitatiewe proteomika vra die "wat is daar" vrae en word gewoonlik uitgevoer met behulp van enkele inspuitings. Geen kwantitatiewe data kan verkry word nie aangesien hierdie analise-opsie nie ontwerp is vir stroomaf statistieke wat vir kwantifisering benodig word nie.
?Voltooi Proteoom-uittreksels
Die kompleksiteit van totale proteoom vereis lang gradi?nte en verkieslik die gebruik van 'n gevorderde massaspektrometer soos die Thermo Scientific-fusie. Monsters kan óf ongefraksioneerd óf as veelvuldige breuke ontleed word en die data gekombineer word na databasisondervraging. Tipies 2-3 uur gradi?nte is voldoende, afhangende van proteoom kompleksiteit.
?Gesuiwerde of gedeeltelik gesuiwerde monsters
Die baie verminderde kompleksiteit van gesuiwerde monsters laat die gebruik van korter gradi?nttye toe en vereis nie die gebruik van gevorderde massaspektrometers nie. Vir gesuiwerde monsters soos 'n enkele prote?enband van 'n SDS-PAGE gel, is 'n 35 min gradi?nt op die Velos massaspektrometer voldoende.
?MS eenheid dienste
- Massaspektrometrie (MS) met elektrosproei-ionisasie (ESI) of atmosferiese druk chemiese ionisasie (APCI)
- GC-FID
- GC-MS
- Akkurate massabepaling
- LC-MS en LC-MS/MS vir beide kwalitatiewe en kwantitatiewe werk
- LC-MS en HPLC metode ontwikkeling en konsultasie dienste
- 'n Doen-dit-self-diens vir HPLC met UV- of RI-opsporing vir interne gebruikers
- GC-MS en GC metode ontwikkeling en konsultasie dienste
- Opleiding
- Proteomika (peptiedvolgordebepaling en prote?enidentifikasie via kapillêre LC-MS/MS en databasissoektog)
- Aminosuur analise
- Ochratoksien A, natamisien en sorbiensuurontleding in wyn
- Melamien analise
- Weekmakers en ftalaatanalise in verskeie matrikse insluitend wyn en spiritualie?
- Biogene amienanalise in wyn insluitend triptamien, tiramien en histamien
- Verskeie medisinale plantontledings insluitend Hoodia, Harpagoside en Mesembrine
- SPME GC-MS analise van vlugtige verbindings
